南京农业大学信息科学技术学院可追溯至1981年成立的计算中心和1985年筹建的农业图书情报专业。1987年设立了农业图书情报系，1993年农业图书情报系更名为信息管理系，本科专业名称也于1999年更名为信息管理与信息系统专业。1994年计算中心开始招收计算机应用专业专科生，2000年计算机科学与技术本科专业开始招生。2002年，信息管理系和计算中心合并成立信息科学技术学院。目前，信息科学技术学院下设计算机科学与技术系、信息管理系及计算机与信息技术实验中心。
经过30多年的办学历程及建院10多年的发展，学院已由20世纪80年代中期单一的本科教育发展成为现在的本、硕、博多层次培养体系相结合的专业教育体系。目前的信息科学技术学院共有计算机科学与技术、网络工程、信息管理与信息系统三个本科专业，计算机科学与技术、图书情报与档案管理两个一级学科硕士点，农业硕士(农业信息化领域)、图书情报硕士两个专业学位硕士点，以及归属于公共管理一级学科的信息资源管理二级学科博士点，拥有各层次全日制在校生近800人。其中，信息管理与信息系统专业为江苏省特色专业，计算机科学与技术专业为校级特色专业，江苏省卓越工程师计划(软件类)专业，情报学二级学科点为校级重点学科。此外，学院具有良好的实验设施和教学科研环境，建有资料室、公共教学实验室及各类专业教学实验室。计算机与实验设备总量达1000余台(套)，价值1000多万元，能够为学生的实践教学和教师科研活动提供良好的环境和必要的保障。
信息科学技术学院现有教职员工50余人，其中专职教师40余人，教授8人，副教授26人，具有高级职称的教师占学院教师总数的75%以上，具有博士学位的教师占学院教师总数的65% 以上，多名教师具有一年以上欧美知名大学访学经历。3位教师入选江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师，1位教师入选江苏省“333高层次人才培养工程”第二层次，1位教师入选江苏省“333高层次人才培养工程”第三层次，4位教师入选南京农业大学“钟山学术新秀”。学院教师承担过包括国家级重大、重点项目在内的一系列国家级、省部级项目，在科研及社会服务方面取得了丰硕的成果。
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