第二临床医学院前身是筹建于2000年4月的浙江中医学院医学系(筹)，2004年7月正式组建浙江中医学院医学系，与附属第二医院(浙江省新华医院)实行“院系合一”的办学模式。2006年随学校更名为浙江中医药大学第二临床医学院。学院拥有一批行业内领军人物，其中作为浙江省临床医学专业指导委员会副主任委员单位、全科医学教育副主任委员单位，具有一批具有较高学科学术水平、专业特色突出、知识结构合理的教师人才队伍。拥有正高职称人员68人，副高职称人员47人，中级职称人员33人，博士学位人员所占比例36.4%。入选省“151”人才2人，厅局级重点学科带头人4人;在国家级临床医学及教育相关学术团体中兼任重要职务7人次，省级临床医学及教育相关学术团体中兼任重要职务8人次。2001年，在省内较早获得内科学硕士学位授予权，位列省属院校第二。2011年取得临床医学一级学科硕士学位授予权，是全国中医院校中唯一获得一级学科硕士学位授予权的院校。
学院坚持“以学生为中心”的办学思想，遵循“医德教育为先导，能力培养为重点，素质提升为核心，岗位胜任为目标”的办学理念。着力培养具有良好的思想道德和职业素养，具备初步的临床能力、终身学习能力和进一步深造的基础，能在卫生保健机构上级医师的指导与监督下，提供安全有效医疗实践的应用型人才。力争将临床医学专业建设成为具有较高人才培养质量和良好社会声誉，符合浙江省卫生事业和经济社会发展需要的优势专业。
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