自然保护区学院（College of Nature Conservation）成立于2004年12月，由教育部和国家林业局共同建设，是我国唯一的培养自然保护区建设与管理专门人才的学院，也是我国野生动物与自然保护区建设工程和湿地保护工程等国家重点工程的科技咨询和支撑的单位，资源优势和区位优势显著。学院坚持“教学为本、科研为先、学科立院、人才强院”的办学理念，以“本科生导师制”为育人特色，以培养国际型、创新型、管理型人才为育人宗旨，全面推进学院的建设与发展。
学院现有教职工28人，其中专职教师24人，含教授7人、副教授10人、讲师7人。学院还聘请了英国自然保护联合委员会主席、原澳大利亚环境署署长Peter Bridgewater博士、国家林业局野生动植物保护与自然保护区管理司张希武司长等多位国内外著名专家为学院的客座教授。
北京林业大学自1999年开始招收自然保护区和生物多样性保护研究方向的博士生和硕士生，自2006年开始招收“野生动物与自然保护区管理”专业本科生，该专业已被教育部列为高等学校特色专业建设点。目前，学院已形成本科生、研究生、博士生、博士后，以及农业推广硕士、进修生、留学生等完整的人才培养体系。
学院先后组织申报了国家级、省部级及校级教改项目三十余项，经费约100万元，为学院教学发展、教学研究与改革奠定了良好的基础。学院实施的“本科生导师制”于2012年获北京林业大学优秀教学成果一等奖，获北京市高等教育教学成果奖二等奖。
学院教师还先后承担了国家科技支撑项目、林业公益性行业专项、973项目、国家自然科学基金项目等课题数十项，在国内外学术期刊发表论文200余篇，其中在Science和PNAS等刊物上发表SCI论文80余篇，编写专著8部，获批专利7项，发布行业标准4项。此外学院还得到教育部“211”三期建设工程项目“全球变化背景下森林及湿地生态系统保护”的专项资金和学校“985”优势学科平台建设项目的支持。
学院现有野生动物保护与利用实验室、自然保护区规划与设计实验室、湿地保护与恢复实验室、湿地生态过程实验室和野生植物实验室等，配有TOC分析仪、气象色谱仪、连续流动分析仪等先进设备。挂靠有北京林业大学野生动物研究所和北京林业大学林业碳汇计量与监测中心。学院还与一些具有代表性的国家级自然保护区签订合作协议，建立教学科研实习基地，包括河北滦河上游、福建武夷山、内蒙古达赉湖、安徽扬子鳄、牯牛降和甘肃安西极旱荒漠等国家级自然保护区。
目前，学院已经与国外大学、联合国相关机构、国际非政府环保组织建立了良好的合作关系，包括牛津大学和东京农工大学、联合国环境规划署（UNEP）、联合国开发计划署（UNDP）、国际自然保护联盟（IUCN）、世界自然基金会（WWF）、世界雉类协会（WPA）、野生动植物保护国际（FFI）、保护国际（CI）、湿地国际（WI）、美国大自然协会（TNC）等。截至目前，学院已有多名研究生、本科生得到了与国外知名大学联合培养、培训以及参加国际会议的机会。
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