基础医学院是山西医科大学最早建立的院系之一，前身为1958年成立的基础医学部，1999年更名为基础医学院。学院下设生理学系、细胞生理学省部共建教育部重点实验室、12个教研室、5个研究所、1个基础医学虚拟仿真实验教学中心和由10个实验教学单位组成的基础医学实验教学中心。学院拥有生理学国家重点学科，细胞生理学省部共建教育部重点实验室，生物学山西省优势重点学科，生物化学与分子生物学、药理学、病理生理学等3个山西省重点学科；生理学、药理学、生物化学与分子生物学、人体寄生虫学、病理生理学等5门省级精品课程，生理学省级研究生精品课程，细胞生理学省级重点实验室，基础医学省级实验教学示范中心，省级虚拟仿真实验教学中心，生物化学与分子生物学实验室、机能学实验室等2个省级高校基础课示范实验室。
学院现有生物学一级学科博士点以及生理学、再生医学、时间生物学等3个二级学科博士点，生物学一级学科博士后科研流动站。学院为国内首批硕士学位授予单位，有生物学和基础医学2个一级学科硕士点，覆盖全院大部分二级学科。其中,生理学科为山西省研究生教育创新团队。
学院现有专职教师222人，其中终身教授3人，教授28名，博士生导师19人，硕士生导师53人；山西省“百人计划”引进海外高层次人才4名；教育部新世纪优秀人才1名；“131”领军人才8人；省级教学名师8人。
学院承担着全校本科生、研究生及继续教育等各层次50余门课程的教学任务。近五年学院承担了50余项国家自然科学基金项目、100余项省部级科研项目；在学术期刊发表论文1000余篇，在学术会议发表论文200余篇，其中SCI、EI、ISTP等收录219篇；获省部级科研奖励30余项，申报专利20余项，编写各类教材、著作100余部。
学院先后和美国、加拿大、澳大利亚、日本等国家和香港地区的高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为学院的建设发展创造了良好的外部环境。
近年来，学院发扬“传承、奉献、创新”的精神，提出了以“一体两翼，四大体系，八大工程”为主要内容的“1248”发展战略：即以建设全国一流教学研究型学院为主体；一手抓教育教学不动摇，一手抓科学研究不放松，两手并重，两翼并举；着力构建教学改革体系、科研创新体系、人才培养体系、和谐文化学院建设体系四大支撑体系；实施教学平台建设工程、教学改革创新工程、教学质量监控工程、学科平台建设工程、科学研究推进工程、百人计划团队工程、中青年骨干扶植工程与和谐文化建设工程八大工程。学院全体教职员工积极开拓进取，为推进转型跨越发展，使学院早日跻身全国一流的教学研究型基础医学院行列而不懈奋斗。
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