氨基糖苷类抗生素毒性与服药剂量和时程有关，也随药物不同而异，甚至在停药以后，也可出现不可逆的毒性反应。在儿童和老人更易引起。
1．耳毒性所有氨基糖苷类抗生素均有耳毒性，由于药物在内耳蓄积，可使感觉毛细胞发生退行性和永久性改变。
2．肾毒性氨基糖省类是诱发药源性肾衰竭的常见因素。
3．神经肌肉阻断与给药剂量和给药途径有关，常见于大剂量腹膜内或胸膜内应用后，出现心肌抑制、血压下降、肢体瘫痪和呼吸衰竭，也偶见于肌内或静脉注射后。
4．变态反应少见，可表现为皮疹、发热、血管神经性水肿。
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