南京农业大学动物医学院的前身为1921年创立的东南大学(后改名为中央大学)畜牧兽医系，是我国最早成立的畜牧兽医系之一。学院学科实力居国内一流，享有较高的国际声誉。现为全国兽医专业学位教育指导委员会秘书处挂靠单位和副主任委员任职单位。拥有兽医学国家重点一级学科及3个国家重点二级学科(预防兽医学、临床兽医学、基础兽医学)。在90多年的办学历程中，已为国家培养了7000多名本科生和研究生，其中有一批知名学者、教育家、实业家和省市级领导干部。学院现每年招收本科生185人，全日制硕士、博士研究生219人。
动物医学院建有动物科学类国家级教学示范中心、猪链球菌OIE国际参考实验室、农业部动物细菌学重点实验室、农业部动物生理生化重点实验室、江苏省动物免疫工程实验室等教学科研平台。设动物医学、动物药学两个本科专业及金善宝实验班(动物生产类)。其中动物医学专业2005年被评为江苏省品牌专业，2008年评为教育部特色专业，2012年被评为江苏省重点专业，2014年被评为卓越农林人才计划建设专业。学院独立设立了院级奖学金二十余项，学生获奖率超过40%。
学院现有教职员工119人，其中正高职称43人，副高职称32人。博士生指导教师34名，硕士生指导教师63名。教师中拥有国务院学位委员会兽医学科评议组成员、国家万人计划专家、长江学者、国家杰出青年基金获得者、省部级突出贡献的中青年专家、教育部跨(新)世纪优秀人才和江苏省特聘教授等人才。
动物医学院承担大量国家及部省级科研项目。近五年，科研经费达2亿多元，在Autophagy等SCI收录刊物发表论文700余篇，获国家发明专利授权近百项。“猪链球菌病研究及防控技术”获国家科技进步二等奖。
学院大力拓展国际合作和学术交流，与美国、日本、加拿大、丹麦、澳大利亚、英国、西班牙等国和台湾地区的有关学校、研究机构建立了合作关系，与德国汉诺威兽医学院建立了校际关系。从2013年开始与加州大学戴维斯分校兽医学院在南京联合开办国际高端兽医继续教育课程，2016年11月与美国加州大学戴维斯分校(UC Davis)签订One Health工作协议——“4+2”联合培养项目。学院每年招收国外全日制留学生20多人。此外，先后为全球留学生举办了近20期国际兽医针灸与中药培训班。
展望未来，南京农业大学动物医学院以人才强院为核心、学科建设为基石、教育质量为根本、科技创新为动力、服务社会为担当、文化传承为己任，朝着创建国际一流的研究型学院目标迈进!
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